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超微量分光光度计 测量阿胶DNA的提取效率

 

阿胶加工主要工序包括:备料、泡皮、洗皮、焯皮、化皮、过滤、真空浓缩、打沫、加辅料、凝胶、切胶、晾胶、擦胶印字、灭菌和包装入库等49个工序。本研究拟从阿胶加工工艺过程中的8个代表性阶段分别取样,提取驴基因组DNA,并超微量分光光度计分别对DNA质量进行浓度检测,旨在了解阿胶加工过程中驴基因组DNA的提取效率。

材料

阿胶生产过程中的样品分别包括化皮后的原料胶、双效阶段、浓缩前、浓缩后、加辅料前和凝胶等加工阶段,每个阶段重复取样3份。

超微量分光光度计研究阿胶DNA的提取效率

试剂与仪器

ExTaq酶、dNTPs、lOxBuffer、DNA分子量MarkerDL1000bp、2000bp、15kb、23kb,电泳上样缓冲液等PCR反应试剂;DNA分子量MarkerDL23kb;引物与探针;动物组织DNA提取试剂盒G1N70—1KT;BestarRealtimePCRMasterMix。

恒温混匀仪;凝胶成像仪Bio-Rad;超微量分光光度计NanoDrop2000;DNA测序仪ABI3730XL;普通PCR仪;高速离心机5424D型;荧光定量PCR仪。

阿胶DNA的提取方法

基因组DNA提取称取阿胶加工工艺过程中化皮、双效前后、浓缩前后、加辅料前和凝胶各阶段样品及阿胶粉各1.0g,阿胶DNA的提取参照张全芳等文献介绍。称取驴皮0.1g,驴皮的提取利用动物组织提取试剂盒,参照说明书提取,每个样品重复提取3次,最后加入5Op.L1xTEBuffer溶解,-20℃保存备用。

分光光度法检测阿胶的DNA浓度

将不同加工阶段阿胶中问体和成品提取的DNA使用超微量分光光度计NanoDrop2000检测,用1xTEBuffer作空白对照,记录DNA的浓度、A260和A280比值。计算阿胶8个主要生产加工过程中基因组DNA提取产量,利用公式:DNA提取产量(ng·g)=(基因组DNA浓度×体积)/取样质量以上各实验均重复3次以上,数据表示为平均值±标准方差,组间方差由PLSD检验分析,P<0.05为有效统计学差异。

DNA超微量分光光度计分析结果

A260/A280是核酸纯度的指示值,纯度好的DNAA260/A280比值约为1.7~1.9,表3可以看出,阿胶加工前期阶段化皮、双效前后与鲜驴皮的A260/A280在1.7~1.9之间,DNA浓度83.23~145.30ng·IxL~,提取的DNA纯度和浓度都比较理想。随着阿胶进一步加工,浓缩前后及加辅料前后到凝胶阶段A260/A280值下降至<1.7,DNA浓度也降低至23.22~82.10ng·L区间,推测主要原因是阿胶中富含胶原蛋白,提取的DNA可能仍含有大量蛋白污染,随着加工过程的深入,基因组DNA完整性进一步被破坏,所以提取的浓度也随之降低。

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